呼伦贝尔农垦开发建设始于1954年，国家提供大量资金建设种畜基地。1955年正式成立呼伦贝尔盟农牧场管理局。1960年，时任国家农垦部部长王震从内地和黑龙江农垦抽调大批转复官兵到呼伦贝尔开荒建场，当年开荒300余万亩。到1961年达到435万亩，形成了目前呼伦贝尔农垦的产业基础和规模。1969年划归黑龙江，1976年划回呼伦贝尔。1980年分设海拉尔农牧场管理局和大兴安岭农场管理局。
2000年内蒙古自治区党委确定两局为自治区直属国有重要骨干企业。
2002年两局下放为呼伦贝尔市直属企业。2003年两局分别改制成立海拉尔农垦集团有限责任公司和大兴安岭农垦集团有限责任公司。2012年海、大两个集团再度整合，重组成立为呼伦贝尔农垦集团。
